Keterlibatan program studi dalam perencanaan anggaran dan pengelolaan dana harus dilakukan secara transparan dan akuntabel. Program studi berperan dalam menyusun anggaran pengembangan dan anggaran operasional. Anggaran pengembangan digunakan untuk pengembangan program studi, sedangkan anggaran operasional digunakan untuk membiayai kebutuhan operasional rutin program studi.

Proses penyusunan anggaran pengembangan dilakukan dengan pendekatan bottom up, yaitu dengan melibatkan seluruh dosen prodi. Mekanisme penyusunan anggaran pengembangan program studi sebagai berikut:

1. Ketua program studi mengundang seluruh dosen prodi untuk mengajukan rencana kegiatan program studi.
2. Ketua program studi membentuk tim khusus penyusun RPPS dengan menyertakan semua kegiatan akademik prodi beserta anggaran secara rinci.
3. RPPS yang sudah jadi kemudian dinegosiasikan dengan tim reviewer universitas.
4. RPPS yang telah direvisi diajukan ke wakil rektor I untuk memperoleh persetujuan.
5. Kegiatan dan anggaran yang telah disetujui diajukan secara online melalui program yang telah dibuat oleh IT.
6. Ketua program studi bertanggung jawab terhadap semua kegiatan dalam RPPS dan melaporkan semua kegiatan yang telah terlaksana beserta rincian anggaran yang telah digunakan secara online maupun secara fisik.
7. Ketua program studi dibantu dengan bendahara mengumpulkan bukti fisik kegiatan dan anggaran yang digunakan kemudian melaporkannya ke biro keuangan universitas.

Anggaran operasional ditetapkan berdasarkan rapat seluruh pimpinan sekolah pascasarjana dan pimpinan universitas (wakil rektor II) yang diberikan rutin setiap bulan. Pengelolaan anggaran operasional diserahkan sepenuhnya kepada ketua program studi. Pertanggungjawabannya dilakukan secara fisik oleh ketua program studi dibantu dengan bendahara untuk mengumpulkan bukti fisik kegiatan dan anggaran yang digunakan, kemudian melaporkannya ke biro keuangan universitas.

Dengan demikian, pelaksanaan kegiatan, perencanaan anggaran beserta pengelolaan anggaran, baik anggaran pengembangan akademik maupun anggaran operasional, telah dilakukan Prodi Pendidikan Matematika secara transparan dan akuntabel.